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张江院区位于天牛路、红曲路口，总建筑面积10万平方米，设置医疗床位500张、现代化手术室8个、骨髓移植舱32个，同时还在国内儿童专科医院中率先设置放疗中心、细胞治疗研发中心，并瞄准国际发展前沿，定位于打造以血液肿瘤学科群为特色的“强专科、精综合”的儿童专科医疗机构，聚焦儿童重大疑难疾病的诊治与研究。

上海儿童医学中心副院长洪莉表示，这一新院区开设儿科综合病区、血液病病区、肿瘤病区、移植病区、镶嵌手术室、重症监护室以及创新治疗研究型病区等，将与位于东方路的本部院区统筹错位发展，通过医企合作、研产融合，打造科技创新医学新模式，构建以国家儿童医学中心为引领、国家儿童区域医疗中心为骨干的国家级儿童医疗卫生服务体系，并与上药集团等国内外一流药企合作，打造中国儿科创新药物和儿童医疗机构器械研发高地。

院方透露，近期，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心张江院区将进一步调试设备、开展演练等，将于国庆长假后正式开诊并收治患儿。该院区还将服务国际患者，引入更多商业保险，未来努力将其打造成为“上海版MD ANDERSON” （备注：MD ANDERSON是美国著名肿瘤诊治中心）。